Im Gebiet der Stadt Flensburg gibt es 13 evangelisch-lutherische Kirchengemeinden. Die drei Gemeinden St. Johannis auf dem Ostufer und St. Marien und St. Nikolai westlich der Förde spielten schon als Kirchspiele bei der Stadtgründung eine Rolle. In ihren traditionsreichen Altstadtkirchen findet auch heute noch ein vielfältiges Gemeindeleben statt. In Flensburg gibt es außerdem auch Gemeinden der dänischen und der katholischen Kirche.

Die Leitung der einzelnen Kirchengemeinden obliegt den gewählten Kirchenvorständen. Für die Verwaltung ist ab 2009 der neue Großkirchenkreis zuständig, der aus den vormals eigenständigen Kirchenkreisen Flensburg, Angeln und Schleswig entstanden ist. 

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